Poco se dice y poco se sabe sobre la presencia judía en África, pero el papel de estas comunidades fue importante en la antigüedad. Es probable que, tras el éxodo de Egipto y tras la destrucción del primer Templo (586 a.C.), grupos de judíos se desplazaran hacia Cirenaica y el Magreb tras una oleada árabe de comerciantes procedentes de Mosul. Según una antigua tradición de Touggourt, una región del Sahara oriental argelino, la población judía es tan antigua que puede considerarse la más antigua de la zona.

Ibn Jaldún sostiene que, cuando los árabes penetraron en tierras de los bereberes, en el siglo VII, muchas de esas tribus eran judías o estaban fuertemente influidas por el judaísmo: “Es posible, además, que otras de aquellas tribus bereberes creyeran en la religión judía, que habían heredado de los israelitas en el momento de la expansión de su reino. Este fue el caso de la tribu Kahina, que fue exterminada por los árabes al comienzo de su conquista". Incluso según León Africano, muchos en esas regiones eran judíos, antes de ser musulmanes, y en el Atlas había tribus guerreras que decían descender del rey David.

Muchos comerciantes y artesanos judíos vivían en Wadi Nun, donde tenía lugar la reunión anual de las caravanas marroquíes que se dirigían a Tombuctú y Oualata. León Africano afirma: “Se dice que [...] eran judíos del linaje de David; pero después de que los mahometanos adquirieron ese país, los habitantes se entregaron a la fe de Mahoma. Hay muchos hombres versados ​​en la ley, y la mayoría guarda muy bien de memoria los decretos y textos de la ley".

La comunidad judía fue exterminada por los almohades en 1050 y después de un siglo muchas comunidades judías en Kairouan, Sfax, Gabes, Meknès, Fez y Marrakech casi habían desaparecido. Muchos judíos abandonaron esas regiones para trasladarse a la India, pero algunos permanecieron en África, particularmente en la región de Touat (Argelia), donde estuvieron muy activos hasta el siglo XV, cuando la ruta Tlemcen-Touat-Níger constituyó uno de los principales ejes del comercio sahariano.

Se han descubierto 250.000 páginas de documentos comerciales en los ghenizot (depósitos) de una sinagoga de El Cairo que datan de los siglos XI y XII, que registran “notas de crédito” mercantiles transaharianas manejadas por agentes judíos con base en Touat. La actividad era tan intensa que los judíos de Touat recurrieron al rabino de Argel para estudiar su situación respecto al riesgo de profanar el Sabbat: como ciertamente no era posible abandonar la caravana para respetar el día de descanso, el rabino Isaac Bar-Sheshet Barfat (1326-1408) declaró que las caravanas podían continuar su viaje siempre que hubieran iniciado al menos tres días antes.

Desde finales del siglo XIV, la persecución contra los judíos aumentó en España y, poco después, la Inquisición continuó su labor; muchos mallorquines se trasladaron entonces al Magreb, donde al principio fueron bien recibidos por los gobernantes locales. La población judía de Touat creció hasta 1492. Ese mismo año, sin embargo, los judíos de Gourara comenzaron a ser perseguidos por el sultán local Cheikh Abd-al-Karim al-Menghili, quien, acusándolos de practicar la usura, destruyó las sinagogas de Touat y ofreció siete mitqals de oro a cualquiera que matara a un judío. Esto provocó una importante crisis en el comercio norte-sur del Sahara, que ya estaba sufriendo fuertes repercusiones por el progresivo desplazamiento de las rutas comerciales hacia el este, hacia El Cairo.

Dispersos en el bajo Magreb, los judíos se convirtieron en constructores de pozos y canalizaciones, los famosos foggara distribuidos a lo largo de todo el cinturón norte-sahariano, un arte del que todavía darían buena prueba en el siglo XIX, especialmente en las grandes zonas de producción a lo largo del Níger, desarrolladas para adaptar la producción necesaria para abastecer las caravanas hacia y desde Egipto. Eran capaces de cavar pozos, como en el caso de Tendirma (Malí), de 70 metros de profundidad.

La presencia judía se hizo más rara, muchos se convirtieron o perdieron su identidad original, mezclándose con la población. A principios del siglo XIX, sin embargo, Mungo Park todavía constata la presencia de judíos en Tombuctú, bajo la protección de los tuaregs y los mauris, de los que no se distinguían, aunque siguieran practicando la endogamia. El rabino viajero Mardochée Aby Serur, compañero de viaje de Charles de Foucauld, que llegó a Tombuctú en 1860, relata haber sido acogido por la tribu Daggatun, que se proclamaba descendiente de judíos. Daggatun significa: “Aquellos que han cambiado de religión”.

Ver, Gli ebrei del Sahara